ทิเบต

บทความหลัก: วัชรยาน

ในทิเบต คำสอนเกี่ยวพุทธตันตระได้พัฒนาไปเป็นวัชรยาน โดยมีการแบ่งเป็นนิกายย่อย ๆ อีกมาก

จีน: นิกายเจิ้นเหยียนหรือมี่จง

ผู้นำคำสอนนิกายพุทธตันตระเข้าสู่ประเทศจีนคือ ศุกรสิงหะซึ่งเข้าสู่จีนเมื่อ พ.ศ. 1259 ต่อมาได้มีคณาจารย์สำคัญเช่น วัชรโพธิ์ และอโมฆวัชระเข้ามาเผยแพร่คำสอนอีก นิกายนี้ได้รับการส่งเสริมมากเมื่อมองโกลเข้ามามีอำนาจในจีน จากนั้นได้เสื่อมไป

ญี่ปุ่น: นิกายชินงอน

ก่อตั้งโดยคูไค ซึ่งมีนามว่า โคโบ ไดจิหลังจากมรณภาพ โดยรับคำสอนผ่านทางนิกายเชนเหยนและฌานในจีน ได้รวมเอาความเชื่อในศาสนาชินโตเข้าไว้ด้วย

ไทย

พระพุทธศาสนาฝ่ายวัชรยานในเมืองไทย เกิดขึ้นครั้งแรกในสมัยของ พระมหาคณาจารย์จีนธรรมสมาธิวัตร (โพธิ์แจ้งมหาเถระ) หรือลามะ ทริมซิน กุนดั๊ก รินโปเช ปฐมเจ้าอาวาสวัดโพธิ์แมนคุณาราม และอดีตเจ้าคณะใหญ่จีนนิกายรูปที่ 6 ท่านเจ้าคุณอาจารย์ได้จาริกไปประเทศจีน ได้ธุดงค์ไปถึงแคว้นคาม ทิเบตตะวันออก และได้เข้าศึกษามนตรยาน นิกายณยิงมาคากิว ณ สำนักสังฆราชาริโวเช แคว้นคาม ทิเบตตะวันออกกับพระสังฆราชา “วัชระนะนาฮู้ทู้เคียกทู้” (พระมหาวัชรจารย์ พุทธะ นอร่า รินโปเช) ซึ่งเป็นพระมหาเถระที่มีชื่อเสียงมากของทิเบต จีน และในแถบจีนตอนใต้ ฮ่องกง ไต้หวัน สิงคโปร์ มาเลเซีย

ท่านสังฆราชานะนา ได้เปิดเผยว่าท่านเจ้าคุณอาจารย์ถือกำเนิดจากปรมาจารย์ “คุรุนาคารชุน” (ตามความเชื่อและแนวทางปฏิบัติในทิเบต) ซึ่งมาเพื่อฟื้นฟู สถาปนาพุทธศาสนามหายานให้มั่นคงในภูมิภาคนี้ ดังนั้นท่านเจ้าคุณอาจารย์ได้รับ ความเมตตาจากพระอาจารย์เป็นพิเศษ เมื่อท่านเจ้าคุณอาจารย์ศึกษาแตกฉานในศาสนาพุทธ ฝ่ายวัชรยาน นิกายณยิงมาคากิวแล้ว พระสังฆราชาฯ ได้ประกอบมนตราภิเษก ตั้งให้ท่านเจ้าคุณอาจารย์โพธิ์แจ้งมหาเถระ หรือลามะ ทริมซิน กุนดั๊ก รินโปเช เป็น “พระวัชราจารย์” อันดับที่ 26 สืบต่อจากท่าน ในการครั้งนั้น ท่านสังฆราชานะนาได้มอบ อัฐบริขาร สิ่งศักดิ์สิทธิ์ประจำตำแหน่งสังฆราชาให้ท่านเจ้าคุณอาจารย์อย่างครบถ้วน และหลังจากนั้นไม่นานท่านได้รับเกียติสูงสุดในตำแหน่งพระสังฆราชองค์ที่ 19 แห่งนิกายมันตรยาน ทิเบต

ทั้งนี้พระอาจารย์ได้มอบพระธรรมคัมภีร์ ที่ครบถ้วนสมบูรณ์ที่สุดของนิกายพร้อมทั้งกำชับให้ท่านเจ้าคุณอาจารย์นำกลับมาประดิษฐานในประเทศไทย ด้วยเหตุที่ว่าเมืองไทยพุทธศาสนาเจริญรุ่งเรืองและมั่งคง ท่านสังฆราชาได้ทำนายว่า ทิเบตต้องแตก พระธรรมคัมภีร์อันมีค่ามหาศาลจะถูกทำลายหมด ในปัจจุบันเป็นที่ยืนยันแล้วว่า พระธรรมคัมภีร์ฉบับที่อยู่ กับท่านเจ้าคุณอาจารย์เป็นฉบับสมบูรณ์ที่สุด

จนถึงสมัยก่อนที่ท่านจะดับขันธ์ ท่านเกิดอาการล้มป่วยเข้าพักรักษาตัวที่โรงพยาบาลธนบุรี ท่านเจ้าคุณเย็นเต็ก ซึ่งเป็นลูกศิษย์ท่านได้เดินทางไปยังเนปาล เพื่อสอบถามถึงอาการป่วยของพระอาจารย์จากลามะชั้นสูง และท่านได้เข้าพบกับพระสังฆราชต๊ากน่า จึงได้ถ่ายทอดรหัสนัยแห่งวัชรยานให้แก่ท่านเจ้าคุณเย็นเต็ก

เมื่อท่านเจ้าคุณโพธิ์แจ้งถึงแก่กาลดับขันธ์นั้น ท่านไม่ได้ถ่ายทอดรหัสนัย และตำแหน่งพระสังฆราชนิกายณยิงมาคากิวให้แก่ผู้ใดเลย คณะศิษย์ของท่านได้เดินทางตามหาพระลามะที่จะมาต่อสายวัชรยานจากท่านหลายๆประเทศ โดยอาศัยเพียงรูปถ่ายของท่านเจ้าคุณโพธิ์แจ้ง พระอาจารย์นอร่ารินโปเช และท่านวิดยาดรุ๊ปวังเท่านั้น สุดท้ายก็พบกับท่านพระมหาวัชรจารย์โซนัม ท๊อปเกียว รินโปเช จึงได้กระจ่างขึ้น เมื่อท่านได้เปิดเผยความลับเรื่องวัชรยาน

จนถึงปัจจุบันนี้ พุทธศาสนาฝ่ายวัชรยานในเมืองไทย ได้รับการสืบทอดมาจากพระอารามริโวเช ซึ่งเป็นต้นสายของวัชรยาน จากแคว้นคาม ทิเบตตะวันออก โดยมีพระมหาวัชรจารย์ โซนัม ท๊อปเกียว รินโปเชเป็นผู้สืบทอด และมีการฝึกปฏิบัติแนวทางนี้ที่ริโวเชธรรมสถาน และวัดโพธิ์แมนคุณาราม กรุงเทพมหานคร

ในส่วนของพระในคณะสงฆ์จีนนิกายนั้น วัชรยานที่ท่านเจ้าคุณได้ถ่ายทอดให้กับศิษย์นั้นเหลือไม่กี่ท่านที่ยังยึดถือและปฏิบัติตามวิถีทางแห่งวัชรยานอย่างเคร่งครัด อาทิเช่น ท่านเจ้าคุณเย็นอี่ วัดโพธิ์เย็น พระอาจารย์เย็นเมี่ยง วัดเทพพุทธาราม เป็นต้น

นอกนั้นยังมีการยึดถือปฏิบัติในส่วนของพิธีกรรม และการมนตราภิเษก และการเขียนอักขรมนต์ในพิธีเจริญพุทธมนต์